akiytloer

¿FOLDING@HOME?
A principios de Octubre de 2008 mi mujer me regaló una Playstation 3. Con calma, no mucha en realidad, fui echando un vistazo a las distintas aplicaciones que tenía mi nuevo juguete y en ese momento me crucé por primera vez con el termino Folding@home. Por lo que decía Sony en la pantalla de presentación se trataba de un proyecto de computación distribuida de la Universidad de Stanford. Se veía un globo terráqueo en 3 dimensiones visto por la noche, en negro y con las ciudades iluminadas, Además aparecían unos números y contadores que corrían a toda velocidad, y en la esquina inferior derecha lo que parecía una representación tridimensional de una molécula como las que hacíamos en el colegio con bolas de porexpan y palitos. Todo esto acompañado de música Chillout y soniditos al estilo de R2D2 en la Guerra de Las Galaxias, ¡beep, beep!. Muy chulo pero muy aburrido, así que lo apagué y me puse a jugar: por algo se llama Playstation.

Seis meses mas tarde, navegando por Internet, me tropecé de nuevo con el dichoso término así que abrí Google y lo busqué.

FOLDING@HOME
La primera página que aparecía en la búsqueda era la del proyecto Folding@home (por cierto se lee folding at home) que pertenecía a la Universidad de Stanford y donde explicaba lo siguiente:



Nuestro objetivo: comprender el plegamiento y agregación de las proteínas, y las enfermedades relacionadas.


¿Qué son las proteínas y por qué se "pliegan"?
Las proteínas son los motores de la Biología – sus "nanomáquinas". Para poder desempeñar sus funciones bioquímicas primero se deben auto ensamblar, o "plegarse" de manera increíble. El proceso de plegamiento de las proteínas, que resulta crítico y fundamental virtualmente para toda la Biología, continúa siendo un misterio. No sorprende, por tanto, que cuando las proteínas no se pliegan correctamente (es decir, cuando se “mal pliegan”), puedan producirse consecuencias graves, que incluyen a enfermedades ampliamente conocidas, tales como las enfermedades de Alzheimer, de la vaca loca (Encefalopatía Espongiforme Bovina), de Creutzfeldt-Jacob, la Esclerosis Lateral Amiotrófica, y el mal de Parkinson.

¿ Qué es Folding@Home?
Folding@Home es un proyecto de computación distribuida, que estudia el plegamiento proteico normal y anormal, la agregación proteica y las enfermedades relacionadas. Usamos métodos de cómputo de avanzada y computación distribuida a gran escala, para simular escalas de tiempo miles a millones de veces mayores que las previamente obtenidas. Esto nos ha permitido simular el plegado proteico por primera vez, y ahora dirigir nuestra investigación al estudio de las enfermedades relacionadas.


Hablando coloquialmente, las proteinas tienen que adoptar formas como las piezas de un puzle, y cuando no lo hacen correctamente sufrimos enfermedades muy graves. Además en la explicación que dan no mencionan que detrás de casi la mitad de los canceres conocidos está el fallo de la proteína P53 que debe protegernos de mutaciones en el ADN celular. Debido a este mal “pliege” de la proteína P53, estas celulas mutadas seguirán reproduciendose sin control dando lugar a lo que conocemos como un cáncer.

Lo que hacen con Folding@home es simular el plegamiento de proteinas para comparar los resultados teóricos con los resultados de los experimentos en laboratorio y así poder llegar a comprender el mecanismo que provoca el plegamiento de las proteinas. Cuando comprendamos el mecanismo, podremos intentar repararlo.

El problema
La cuestión es que un ordenador tarda 1 día en simular 1 nanosegundo de plegamiento, y una proteína tarda 10.000 nanosegundos en plegarse, lo que es lo mismo 10.000 dias de calculo en un ordenador. ¡Casi 30 años para un solo experimento!. A este ritmo me parece que ninguno nos libramos de entrar en el sorteo para estas enfermedades.

Por suerte con Folding@home hay mas de 1 millón de donantes anónimos repartidos por todo el mundo, que prestamos el tiempo en el que nuestros ordenadores están esperando a que pulsemos alguna tecla para que procesen pequeños fragmentos de simulación. Con todos estos equipos de personas anonimas trabajando al mismo tiempo, aquello que ni tan siquiera era posible imaginar hace pocos años, ahora es algo rutinario y en cuestión de aproximadamente un mes los cientificos tienen los resultados de las simulaciones. No en vano en Abril de 2009 Folding@home a logrado el record de 8,1 PFLOPS (Petaflops) o lo que es lo mismo 8,1 trillones (8,1x10^15 = 8.100.000.000.000.000) de operaciones en coma flotante por segundo. La mayor potencia de cálculo del mundo, ni los grandes supercomputadores de última generación llegan a estos niveles.

¿QuÉ hacer para colaborar?
Es muy sencillo. Si tienes un ordenador (PC, Mac, Windows XP, Vista, OsX, Linux) y a ser posible con menos de 5 años para que le de tiempo a realizar su trabajo en el tiempo límite, haz click aquí para ir a la página del proyecto y descargar la versión que se adapte a tu sistema. Al final de la página hay enlaces para equipos antiguos y enlaces para equipos de alto rendimiento con tarjetas gráficas nVidia o Ati o procesadores de 4 núcleos.

Una vez descargado el software, apenas tarda 20-30 segundos, solo necesitas instalarlo y ejecutarlo. ¡Y ya estás colaborando!.

Los usuarios de Playstation 3 ya tienen el software pre-instalado en la aplicación Life with Playstation así que solo tienen que ejecutarlo.

 

Folding@home en Life with Playstation.
Los puntos luminosos representan la ubicación de Playstations 3 que están procesando.
En la esquina inferior derecha puede verse la proteína sobre la que está trabajando y encima los índices de cálculo en tiempo real junto a nuestro seudónimo, el equipo con el que colaboramos y la referencia del experimento.

Equipo Akiytloer
Ahora que ya estas colaborando de forma anónima puedes considerar el unirte al equipo Akiytloer, de esta manera podrás unir tus esfuerzos a los del resto del equipo y subir en el ranking mundial.

Para hacer esto solo tienes que ir a la ventana de configuración (Configure…) e introducir tu nombre o seudónimo con el que quieras identificarte y cambiar el numero del equipo (por defecto 0) por el 162949. Desde el momento que tu equipo envie su primer resultado podrás ver tus progresos en la pagina de estadísticas del equipo. Puedes acceder desde el menú de Folding@home o desde esta página (arriba a la izquierda). Las estadísticas se actualizan cada 2 horas y suelen tardar como 1 hora en actualizarse.



Esta explicación es solo para Windows pero es básicamente lo mismo en Mac o Linux.

En PS3 primero debes cambiar al canal Folding@home manteniendo presionado el cuadrado y pulsando abajo. Una vez en el canal folding pulsa triángulo y selecciona CANAL ACTUAL, despues selecciona IDENTIDAD y cambia tu nombre y únete al equipo 162949.

Preguntas que suelen hacerme

¿Va mas lento el ordenador?
No, Folding@home se instala como una aplicación en segundo plano de baja prioridad (como los iconos que vemos al lado del reloj) y solo consume el tiempo de procesador que quede libre cuando el resto de las aplicaciones han terminado. De todas formas, si tienes la impresión de que te ralentiza algo, puedes darle a la pausa y reanudar el trabajo cuando dejes el ordenador desatendido.

¿Consume mucho Internet?
Apenas unos segundos cuando descarga la unidad de trabajo y otros pocos segundos cuando envía los resultados. Pasarán horas o días entre envios, dependiendo de la potencia de tu equipo y del tiempo que está encendido.

¿Gasta mucha electricidad?
En realidad cuando desatendemos el equipo se desconecta la pantalla y los discos duros que son los grandes consumidores. Si quieres ahorrar electricidad, sustituye el salvapantallas por la opcion de apagar la pantalla.

¿Es malo tener el ordenador siempre encendido?
En realidad lo malo es apagarlo y encenderlo frecuentemente. El procesador y los semicondutores de la placa madre sufren estrés térmico debido al rapido calentamiento que se produce en el ordenador al encenderlo.

¿Puedo tener mas de un ordenador con el mismo nombre?
Por supuesto. Yo mismo tengo 7 equipos como Akiytloer. Puedes verlo en mi estadística.

BIENVENIDO AL EQUIPO
Espero que tu como yo, hallas pensado en la cantidad de personas que puedes ayudar colaborando con tu ordenador o videoconsola para que estas investigaciones avancen lo más rápidamente posible. Un estudio calculó que en 2006 habia mas de 26 millones de personas en el mundo con Alzheimer y la Organización Mundial de La Salud estimó una prevalencia del 0,4% de la población mundial. A estas cifras súmales las de cancer, Parkinson, esclerosis, etc. y te harás una idea de la ayuda que estamos proporcionando con un esfuerzo ínfimo.

Akiytloer
24 de Abril de 2009

Si tienes alguna duda puedes consultarme en akiytloer@gmail.com. Trataré de responder lo antes posible.